Det frie, uopstemmede vandløb
De frie strækninger af Gudenåen er dem, hvor vandløbet ikke er påvirket af vandstanden i en sø eller vandstanden i Randers Fjord (f.eks. strækningen mellem Silkeborg Langsø og udløbet af Alling Å samt strækningen mellem Vestbirk Kraftværk og Klostermølle). Vandstanden på de frie strækninger, og dermed risikoen for oversvømmelse, er bestemt af følgende primære faktorer:
- Åens vandføring; et komplekst resultat af bl.a. oplandsstørrelse og type, beliggenheden af store tilløb, geologien og topografien samt ikke mindst nedbøren og måden denne falder på.
- Åens fysiske tilstand; fald, bundbrede, skråningsanlæg og dybde.
- Begrænsninger for vandets frie løb; rør og broer med begrænset kapacitet.
- Strømningsmodstanden udtrykt ved strækningens Manningtal; et resultat af grøden, profilformen og udhængende træer mv. Et lavt Manningtal betyder stor modstand, hvorimod et højt betyder lav modstand. Stor modstand på det strømmende vand giver høj vandstand.
Fra naturens side er Gudenåens fysiske størrelse bestemt af den mængde vand, der normalvis løber i åen på det pågældende sted, samt af variationen af vandføringen. Der findes ingen generel sammenhæng mellem vandføringens størrelse og størrelsen af vandløb, men det kan som tommelfingerregel siges, at størrelsen af et vandløb i forhold til vandføringen er sådan, at det naturligt vil gå over dets bredder en gang i intervallet hvert andet år. Oversvømmelse er således en naturligt forekommende og ingenlunde sjælden hændelse.
Det frie uopstemmede vandløb er påvirket af de fire ovenstående faktorer, og der vil til tider finde naturlig oversvømmelse sted, som følge af ændring af de fire faktorer.
Det stuvningspåvirkede vandløb
Opstrøms både de naturlige og de opstemmede søer og Randers Fjord vil vandløbet periodevist eller permanent være stuvningspåvirket. Længden af stuvningszonen afhænger af vandstandsvariationen i søen eller Randers Fjord samt af vandløbets fald, se figuren. Således vil stuvningszonen opstrøms Tange Sø være længere end den er opstrøms Vestbirk Søerne, idet Gudenåens fald opstrøms Vestbirk Søerne er større, end det er opstrøms Tange Sø.
Stuvningszonens længde opstrøms Randers Fjord er dynamisk på grund af tidevandet, og i tilfælde af ekstremt lavvande kan den være ikke-eksisterende.
Stuvningszonen opstrøms de opstemmede søer kan reguleres ved at ændre højden på opstemningen.

Skitse af en stuvningszone efter en opstemmet sø. Kilde. DTU Vejledning "Sådan laver man gydebanker for laksefisk.
Den frie og den opstemmede sø
Gudenåen gennemløber flere søer på strækningen fra Tinnet Krat til Randers Fjord. Flere af søerne er naturlige med et vandspejl, der er bestemt af de naturgivne forhold, mens andre er helt eller delvis dannet ved opstemning af Gudenåen med henblik på at udnytte vandets kraft (de opstemmede søer).
Vestbirk Søerne og Tange Sø er eksempler på kunstige søer i Gudenå-systemet. De er etableret på strækninger, hvor åen naturligt har stort fald, og hvor der derfor kunne etableres opstemninger med stor faldhøjde. Åens fald er nu koncentreret ved selve turbineanlægget og de tilhørende frisluser. På grund af det store fald ved bygværkerne er der i de fleste tilfælde ikke problemer med at fastholde den maksimalt tilladte vandstand i søerne, det såkaldte flodemål, idet overskydende vand nemt kan slippes forbi opstemningen, typisk gennem en frisluse.
I nogle søer er vandstanden helt eller delvist bestemt af vandstanden i Gudenåen nedstrøms de frie søer. Det drejer sig bl.a. om Silkeborg Langsø og til dels Mossø.
Forskellen mellem vandstandens variation i opstemmede og frie søer er markant, hvilket fremgår af figuren, der viser vandstanden i Silkeborg Langsø og Tange Sø i år 2020.
Vandstanden i søerne mellem slusen i Silkeborg og Ry Mølle er under normale afstrømningsforhold styret af slusen i Silkeborg, men ved store afstrømninger som den i februar 2020 er der kapacitetsbegrænsninger i både Remstrup Å, igennem Sejs Snævringen og igennem snævringen mellem Lillesø ved Ry og Julsø. Forskellen i vandstand mellem Lillesø ved Ry og slusen i Silkeborg var op mod 60-70 cm i februar 2020. På denne strækning betyder det, at vandstanden ikke kan reguleres ved opstemningen i Silkeborg alene men vandet trinvist er opstuvet både naturligt og unaturligt.

Vandstandens variation i den opstemmede sø (Tange Sø) og den frie sø (Silkeborg Langsø).